Selon l’ordonnance du 1er président de la haute Cour militaire qui fixe le dossier François Beya est notamment poursuivi pour « avoir formé un complot contre la vie ou la personne du chef de l’État ».
La présidence de la République avait affirmé qu’il existait des indices sérieux des agissements contre la sécurité nationale selon les enquêtes ayant conduit à l’arrestation de son ex-conseil spécial en matière de sécurité.